我院国家药物临床实验机构（精神卫生）于2009年7月14日获国家食品药品管理局（SFDA）正式批准。目前获得SFDA正式批复精神卫生专业国家药物临床实验机构16家，其中精神卫生专科医院6家，我院为该专业唯一一家非大学或科研院所附属医院的医疗机构。国家药物临床实验机构是由挂靠单位法人负责，机构总负责人直接管理，行政相对独立的机构。该机构将根据地方及国家食品药品监督管理局的相关规定，并严格遵循GCP的要求，开展药物上市前各期临床试验。实验过程中的质量控制、伦理问题等将直接接受SFDA监督与核查。机构下设办公室，以协助机构负责人对所开展的实验项目进行协调、管理与质量控制等。
       我院自1993就开始了漫长的申请之路，当时由张培琰院长牵头，吉中孚副院长具体负责。但由于当时条件受限，基础较为薄弱，申请工作进展艰难，并一度停止。1999年始，我院参与开展了大量的临床药理相关科研项目，至2005年，我院共开展II、III期药物临床研究19项，为机构的进一步申请工作做了良好的铺垫。
       2005年初，在杨院长的指导下，由谭云龙博士、李娟主任执笔，着手药物临床试验机构（精神卫生、I期临床试验研究室）申报材料的撰写。2005年5月完成全部材料的整理，并于2005年5月30日向北京市食品药品监督管理局递交了相关申请材料。2005年12月，申请材料（一稿）通过北京市食品药品监督管理局审核，并递交至SFDA。2006年5月，全部材料通过SFDA的形式审查。2008年4月20日，SFDA组织专家进行现场检查，检查专业包括：精神卫生、I期临床试验研究室。整个专家组对医院的硬件设施、药物临床试验机构设置、相关的管理制度和标准化操作规程、机构相关管理及研究人员等进行了全面考核，并给予了肯定评价。
       专家现场检查意见反馈至SFDA安监司，进行进一步审核、检查。2009年初通过安监司审查，上报至卫生部医政司，进行再次核查，并结合医院以往记录进行全面核对，2009年5月通过医政司审核，反馈至SFDA，至7月14日正式网上公布。证书随后将以邮寄的方式下发。
       国家药物临床试验机构的批准对我院临床治疗水平、临床与科研的结合、科研平台搭建、人才培养等有着极大的促进作用。通过药物临床实验的实施，我院医生将有机会优先获得未上市新药使用经验，了解新型药物的作用机制及国际药理研究的前沿。通过参加各类实验，增加与外界交流机会，扩大我院在整个学术领域里的影响，为我院学科带头人的培养提供了良好的窗口。通过项目的实施，以借助新药研发机构的力量，完成我院科研平台的搭建，促进我院临床研究的规范化，有力推进我院临床与科研的有机结合。