医院感染控制处 
 2003年8月，医院感染管理办公室成立。
 科室负责全院医院感染病例监测、抗生素使用情况监测、环境卫生学监测、传染病疫情和生命统计等工作，同时还负责消毒隔离督查、医疗废物督查和医院感染知识及传染病知识的培训。
  

 疾控预防控制处
 2008年3月，疾病预防控制科成立。
 科室负责制定医院传染性疾病防治工作计划，并组织实施；医院传染病疫情及其他相关工作的登记和网报；检查各科室疾病预防控制工作执行情况，定期对传染病管理及报告、职业病报告、非职业性一氧化碳中毒报告、高温中暑病例报告等情况进行监督检查和上报；协助医务处、门诊部、护理部及临床各科室，做好传染病病人或疑似传染病病人的医疗救治，指导清洁、消毒、隔离及职业防护等工作。负责对医院职工进行传染病防治知识、技能的培训。协助医院相关科室开展健康教育活动，普及卫生防病知识。协助昌平疾病预防控制中心开展流行病学调查和样本采集。接受上级卫生行政部门、疾病预防控制机构及卫生监督机构对医院疾病预防控制工作进行指导与考核。
 2015年7月疾病预防控制科和医院感染管理办公室更名为疾病预防控制处与感染管理处 。